Η Περιφερειακή ενότητα Ρεθύμνου έχει πρωτεύγουσα το Ρέθυμνο το οποίο είναι κτισμένο στην ίδια θέση με την αρχαία Ρίθυμνα ή Ρήθυμνα ή Ριθυμνία. Μαρτυρίες για την ύπαρξη της πόλης αρχίζουν από τον 5ο-4ο αι. π.Χ. και είναι κυρίως τα αργυρά και χάλκινα νομίσματα, τα οποία έφεραν από τη μια όψη την κεφαλή του Απόλλωνα ή της Αθηνάς και από την άλλη τρίαινα ή δύο δελφίνια ή αίγα. Από την κοπή αυτών των νομισμάτων διαφαίνεται ότι ήταν ανεπτυγμένη πόλη με αξιόλογο εμπόριο. Ίσως και να είχε αναπτύξει σχέσεις με τους Πτολεμαίους οι οποίοι την είχαν μετονομάσει σε Αρσινόη. Οι πληροφορίες κατά τ βυζαντινή περίοδο κρίνονται πολύ πενιχρές.

Άλλες αξιόλογες μαρτυρίες δεν υπάρχουν μέχρι το 1204, οπότε οι Ενετοί αγοράζουν από τους Φράγκους κατακτητές του Βυζαντίου ολόκληρη την Κρήτη έναντι 10.000 αργυρών μάρκων, όπου και αρχίζει η Ενετοκρατία που φθάνει χρονικά μέχρι το 1669.

Οι Ενετοί αρχικά εκδιώκουν τους Γενουάτες του Ενρίκο Πεσκατόρε και εγκαθίστανται στο νησί, το οποίο, όμως, παραμελούν, δίνοντας μεγαλύτερη σημασία στις κτήσεις τους της ηπειρωτικής Ελλάδας και των Επτανήσων. Το 1538 ο Χαΐρ αντ Ντιν (Khair ad Din), ναύαρχος του Οθωμανικού στόλου και κουρσάρος των ακτών της Αλγερίας (Μπαρμπαριάς), γνωστότερος ως Μπαρμπαρόσα (Κοκκινογένης), επιτίθεται στο νησί.

Οι Ενετοί αποφασίζουν να οχυρώσουν κάπως την κτήση τους. Κτίζουν γύρω από την πόλη τείχος μήκους 1400 μ. (σήμερα ολοσχερώς κατεστραμμένο), αφήνοντας όμως την από θαλάσσης πλευρά εκτεθειμένη. Ο πειρατής Ολουτζ Αλή (1562) κατακτά έτσι εύκολα την πόλη και οι Ενετοί διαπιστώνοντας το σφάλμα τους, αφού τον εκδιώκουν, κτίζουν ένα φρούριο, την περίφημη Φορτέτζα, σήμερα διασωζόμενο και σήμα κατατεθέν της πόλης.

Ο 16ος αιώνας βρίσκει την πόλη σε μεγάλη πνευματική ανάπτυξη. Πολλοί Ρεθυμνιώτες καλλιτέχνες και λόγιοι εργάζονται όχι μόνο στην Κρήτη αλλά και στην Βενετία.

Σημαντικές προσωπικότητες είναι ο Μάρκος Μουσούρος (1470–1517), ο Εμμανουήλ Τζάνες Μπουνιαλής και ο αδελφός του Μαρίνος Τζάνες Μπουνιαλής, δημιουργός του έπους "Κρητικός Πόλεμος", ο Νικόλαος Βλαστός, ο Ζαχαρίας Καλλέργης (συνέταξε και τύπωσε ο ίδιος "Μέγα Ετυμολογικόν Λεξικόν"), ο ζωγράφος Εμμανουήλ Λαμβάρδος, ο Γεώργιος Χορτάτσης (Ερωφίλη, Γύπαρις, Πανώρια) κ. ά.

Η διακοπή της ανάπτυξης αυτής είναι απότομη. Το 1669 η Κρήτη κατακτάται από τους Τούρκους, οι οποίοι οδηγούν την πόλη και την ζωή της σε μαρασμό.

Οι κάτοικοί της σταδιακά την εγκαταλείπουν, αλλά οι μικροεξεγέρσεις και οι μικροεπαναστάσεις δε λείπουν. Με την Επανάσταση του 1821 στην ηπειρωτική Ελλάδα η Κρήτη ξεσηκώνεται. Οι Τούρκοι δε δυσκολεύονται να καταπνίξουν την επανάσταση στο νησί, καθώς οι Κρητικοί πολεμούν μόνοι και αβοήθητοι.

Χαρακτηριστικό είναι το επεισόδιο του σπηλαίου του Μελιδονίου, στο οποίο είχαν καταφύγει περίπου 370 άτομα (άνδρες και γυναικόπαιδα) που δεν ήθελαν να παραδοθούν. Οι Τούρκοι πέταξαν αναμμένα υλικά στην είσοδο του σπηλαίου, σκοτώνοντας με ασφυξία όσους είχαν κλειστεί σε αυτό (2 - 3 Οκτωβρίου 1823).

Το 1866 ξεσπά νέα επανάσταση. Αυτή τη φορά οι Κρήτες πολεμούν σχετικά αβοήθητοι και η επανάσταση καταπνίγεται. Χαρακτηριστικότερο επεισόδιο αυτής της επανάστασης είναι το ολοκαύτωμα της Μονής Αρκαδίου (8 Νοεμβρίου 1866), ενός μοναστηριού 22 χλμ. ανατολικά του Ρεθύμνου. Με την ανεξαρτητοποίηση της Κρήτης (1897) η πόλη αρχίζει και πάλι να αναπτύσσεται και κατασκευάζονται σε αυτήν έργα υποδομής (δρόμοι, γέφυρες, διδακτήρια).

Η ανάπτυξη συνεχίζεται, όχι όμως με σημαντικό ρυθμό, για να διακοπεί με τη Μάχη της Κρήτης στο Β΄ Παγκόσμιο Πόλεμο, κατά την οποία η πόλη υφίσταται αρκετές καταστροφές. Διασώθηκε, παρόλ' αυτά, σημαντικό μέρος της (ενετικής) παλιάς πόλης, η οποία είναι μέχρι σήμερα μια από τις καλύτερα διασωζόμενες ενετικές πόλεις στην Ελλάδα.

Μετά την απελευθέρωση η πόλη άρχισε να αναπτύσσεται εκ νέου τόσο οικιστικά όσο και πνευματικά.

Σημαντική ώθηση της προσέδωσε η εγκατάσταση της Φιλοσοφικής Σχολής και της Σχολής Κοινωνικών και Πολιτικών Επιστημών του Πανεπιστημίου Κρήτης (περίπου 2.500 φοιτητές)[εκκρεμεί παραπομπή] και η δημιουργία της Πανεπιστημιακής Βιβλιοθήκης.

Σήμερα το Ρέθυμνο είναι η 3η σε μέγεθος πόλη της Κρήτης με πληθυσμό περίπου 33.000 κατοίκων (απογραφή 2001) και βασίζει την οικονομία της στον τουρισμό, διαθέτοντας πολλά αξιοθέατα, μεγάλη αμμώδη παραλία και ισχυρή ξενοδοχειακή υποδομή. Συγκοινωνιακά η πόλη εξυπηρετείται οδικά με σύνδεση με το Ηράκλειο και τα Χανιά μέσω του Εθνικού δρόμου Ε 75 και επαρχιακό σχετικά καλό οδικό δίκτυο, με το οποίο συνδέεται με όλες τις περιοχές του Νομού.

Διαθέτει, επίσης, νέο, σύγχρονο λιμένα. Δε διαθέτει αεροδρόμιο.

Χρήσιμα Νέα

• Ο καιρός
• Αεροπορικά εισητήρια
• Ακτοπλοϊκά εισητήρια
• Διαδρομές με Λεωφορεία Ηράκλειο - Λασίθι
• Διαδρομές με Λεωφορείο Ρέθυμνο - Χανιά  
• Νοσοκομεία - Κέντρα Υγείας Κρήτης