Οι δολίνες έχουν ιδιαίτερο ενδιαφέρον: οι υγρές δολίνες χαρακτηρίζονται από αραιή βλάστηση ετησίων φυτών, κοινών σε άλλους τόπους, αλλά σπάνιων στην Κρήτη, ενώ οι ξηρές δολίνες, χαρακτηρίζονται από πυκνή βλάστηση και, στα Λευκά Όρη, από την παρουσία του, εξειδικευμένου σε τέτοιου τύπου ενδιαιτήματα και ενδημικού των κρητικών βουνών.
Εξάλλου, υπάρχει εκεί το μεγαλύτερο δάσος κυπαρισσιού και ένα από τα τελευταία που έχουν απομείνει στην Κρήτη, καθώς και εκτεταμένα δάση πεύκου στα όρια της περιοχής. Μικρό ποσοστό της επιφάνειας της περιοχής καλύπτεται από διαπλάσεις (δάση) πουρναριού, (αυτός ο τύπος οικοτόπου περιγράφεται με τον κωδικό 6310 που αντιστοιχεί στον 45.41 του CORINE 1991).Ένα αξιοσημείωτο χαρακτηριστικό των ακτών της προτεινόμενης περιοχής είναι οι ασβεστολιθικοί απότομοι γκρεμοί.
Οι υψηλότεροι (200 ως 500 μ), που περιγράφονται με τον όρο «plurizonal Megacliffs» (πολυζωνικές απότομες βραχώδεις ακτές μεγάλου ύψους), έχουν περισσότερες από μία κλιματικές ζώνες και ζώνες βλάστησης. Το μωσαϊκό της βλάστησης εντείνεται από την ύπαρξη ασβεστολιθικών χαραδρών με την ιδιαίτερη θαμνώδη βλάστηση με αφθονία ειδών που χαρακτηρίζει τους ασβεστολιθικούς παραλιακούς απότομους βράχους (κλασσικά παραδείγματα βρίσκονται στο Αιγαίο και στην Κρήτη).
Το φαράγγι της Σαμαριάς χαρακτηρίζεται από τις μεγαλύτερες παράκτιες χαράδρες των Βαλκανίων, με βάθος μεγαλύτερο από 500 m. Περιλαμβάνει μεγάλο αριθμό πολύ σπουδαίων ενδιαιτημάτων, που φιλοξενούν ένα σημαντικότατο αριθμό ειδών χλωρίδας και πανίδας, πολλά από τα οποία είναι ενδημικά ή/και στενοενδημικά που περιορίζονται στην περιοχή.
Ιδιαίτερο χαρακτηριστικό και ενδεικτικό της ποιότητας της περιοχής είναι το φαράγγι της Σαμαριάς το οποίο έχει χαρακτηριστεί ως Εθνικός Δρυμός από το 1962, ως Βιοσφαιρικό Απόθεμα, ως Σημαντική Περιοχή για τα πουλιά , προστατεύεται από τη Συνθήκη της Βαρκελώνης και του έχει απονεμηθεί Ευρωπαϊκό Δίπλωμα από το Συμβούλιο της Ευρώπης.
Ουσιαστικό στοιχείο της σημασίας της περιοχής, που συνδυάζεται με την δυναμική της βιοποικιλότητάς της, αποτελεί το γεγονός, ότι είναι πολύ μεγάλη, με μικρή ανθρώπινη δραστηριότητα, και περιλαμβάνει πλήθος ιδιαίτερων βιοτικών και αβιοτικών στοιχείων, την πραγματική σπουδαιότητα των οποίων δεν έχουμε ακόμη πλήρως αντιληφθεί. Η υψηλή μορφολογική ποικιλότητα σε συνδυασμό με τα παραπάνω, καταλήγουν σε ένα εκπληκτικό αισθητικό αποτέλεσμα.
Η ανάγκη ενός συνολικού σχεδίου διαχείρισης είναι άμεση, εάν μας ενδιαφέρει η διατήρηση των ανεκτίμητων στοιχείων της περιοχής.